Después de la transferencia del número de embriones adecuado para cada caso, el resto de embriones viables son sometidos a un proceso de congelación para poder conservarlos durante un tiempo. Este procedimiento permite la disponibilidad de estos embriones en el momento en que sean requeridos por la pareja. Si no ha habido embarazo, o tras haber finalizado el mismo, se puede proceder (bajo petición de la pareja) a la descongelación y transferencia de los embriones que sobrevivan a la congelación.
No hay mayor riesgo de aborto o malformaciones embrionarias por transferir embriones que anteriormente estaban criopreservados. Entre el 60-80% de los embriones sobreviven tras la descongelación. La tasa de supervivencia va a depender en gran medida de la calidad de los embriones que se congelan. La crioconservación es un técnica que puede afectar a los embriones incidiendo en la tasa de implantación, lo cual deriva en una menor tasa de embarazo cuando se utiliza esta técnica, en comparación a la utilización de embriones no congelados. El tiempo permitido, por ley, de mantenimiento de estos embriones es el de la vida fértil de la mujer.
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